Для склеивания нужно, чтобы все сегменты были кодированы в точности с одинаковыми настройками кодека. А в кодеках есть и скрытые, недоступные для изменения, настройки. Поэтому "разношерстные" куски иногда не склеиваются.

Для решения этой проблемы надо перекодировать все куски с одинаковыми настройками (и в первую очередь - с одинаковым размером кадра).