Для склейки необходимо, чтобы ВСЕ параметры кодирования видео и звука в сегментах были В ТОЧНОСТИ ОДИНАКОВЫМИ. Иногда кажется, что они одинаковы, но в кодеках есть множество скрытых настроек параметров, недоступных пользователю, а в разнызх программах кодирования (которыми были закодированы сегменты) эти настройки могут быть по умолчанию разными. Поэтому и бывае, что куски вроде бы с одинаковыми параметрами колдирования не склеиваются. Надо перекодировать каждый сегмент заново с одними и теми же настройками.