Учтите, что если звук с переменным битрейтом (VBR), вы никогда не сможете получить его синхронным при разрезке на части, т.к. контейнер AVI не рссчитан на VBR и VirtualDub не умеет с ним корректно работать.

В этом случает надо сначала конвертирвать звук в VirtualDub с постоянным битрейтом (видео ставим в прямопотоковое копирование, тогда конвертирование займет всего несколько минут), и тогда уж вырезать рекламу.