AmAmerican сказал(a):

Пока я чешу репу, можете закинуть ( например на http://multi-up.com/) оба файла?
Попробую посмотреть у себя на компе в чем дело.

Для пробы - можете взять 2 фрагмента из разных фильмов (только не из одного сериала), перекодировать по одним и тем же параметрам и попробовать их склеить. Думаю результат будет такой же.