Это сам принцип сжатия видео. В сжатом видео ничего изменить нельзя, для изменения надо сначала раскодировать в полный кадр, потом делать изменения в нем, и кодировать заново. Именно так и работают все программы-конверторы, позволяющие редактировать видео. Но те из них, которые якобы сразу позволяютредактировать, нажатием одной кнопки, на самом деле обманывают: они тоже кодируют заново, но с настройками кодирования по своему смотрению, и не таким, как исходном маериале, поскольку большинство исходных настроек в файле не храниться и автоматически залать точно ак было невозможно в принципе.

Поэтому если хотите изменить пропорции навсегда - только перекодирование с фильтром resize. Если изменить пропорции только во врем просмотра - в программных плеерах (при просмотре на компьютере) есть опции ручной установки соотношения сторон.