Still2Well сказал(a):

...
Итак, стоит задача склеить видео файлы разного качества, предварив их красивой фирменной заставкой.

...

ИМХО причина ваших бед в выделенном мною. Вам нужно сначала все ваши файлы привести к общему знаменателю, т.е. кодек, формат, разрешение, звук должны быть одинаковыми. Далее клейте на здоровье.