Если файлы в папке имеют одиноковое название и отличаются только номерами, VirtualDub по умолчанию, как только указываете второй файл, автоматически ищет ВСЕ файлы с номерами от указанного и больше для склейки.

Чтобы подклеивался только один файл, тот, который указали, в окне, где указываете имя второго файла, снимите птичку "Autodetect additional segments by filename"