Жиган сказал(a):

Склеил 24 файла (4,78 ГБ), размер получился на 1,28 ГБ больше, хотя в видео и в аудио было выставлено Direct Stream copy.
В чем может быть проблема?

Попробуйте еще раз склеивать файлы поштучно, каждый раз контролируя размер выходного файла, чтобы понять, на каком этапе размер неумеренно растет.