anestol сказал(a):

Возможно, у файлов не сходились параметры, программа их перекодировала, хотя в этой ситуации должно было быть предупреждение.

Иногда программа бывает и чудит.
Например, в предыдущей операции если применялись фильтры и после их не отключили, обычно программа не позволяет пересохранять в прямопотоковое копирование. Но, несколько раз у меня бывали, что молчком перекодировал в полную. Сам естественно в это время отсутствовал.
Вот если такое буде, то и кодек если раньше был отключен, то может просто не сжатое видео прогнать.

Добавление нового файла:
Моя версия ехе ки VirtualDub1.10.3 Тест 13
На мой взгляд изменения касаются работы с фильтрами. Плюс, небольшие исправления.