1) eac3to, как и tsMuxeR, поддерживает демукс потоков из Blu-ray со структурой Seamless Branching. Но. eac3to компенсирует gap/overlaps точнее, чем tsMuxeR. В некоторых случаях погрешность может доходить до сотен миллисекунд.
tsMuxeR компенсирует задержки на лету, сразу при демуксе. eac3to проставляет все необходимые задержки во втором проходе, предварительно собрав и прожевав всю необходимую информацию.
Это основное преимущество eac3to над tsMuxeR'ом в качестве демуксера.
2) eac3to при демуксе автоматически проставляет задержки (delay), прописанные в контейнере, непосредственно в аудио-поток (исклюение - TrueHD). tsMuxeR демуксит без учета delay.
3) tsMuxeR не поддерживает файлы WAV > 4Gb, а поскольку треки LPCM он извлекает в контейнер WAV, то ему приходится рубить LPCM на куски при достижении размера 4Gb.
eac3to просто игнорирует ограничение WAV на размер содержимого (строго говоря, он не соблюдает стандарт WAV и с таким потоком могут не работать некоторые приложения. Sonic Scenarist BD и многие энкодеры такие WAV принимают). Но лучше, конечно, треки LPCM с помощью того же eac3to демуксить сразу в WAVs, а затем пересобирать во что-нибудь более компактное (DTS-HD MA например).
... может что еще?
Мои личные рекомендации/предпочтения - демуксить с помощью eac3to. Программа неплохо тестировалась для этих целей многими людьми. У tsMuxer'а ни раз находились баги, не факт что все они на сегодняшний момент устранены. Как минимум, я могу подтвердить один до сих пор непофиксенный баг (tsMuxeR 1.10.6): при извлечении ядра DTS-HD последний фрейм DTS извлекается некорректно. Как следствие, этот последний фрейм пропускается при декодировании в eac3to (“The last DTS frame is incomplete and thus gets skipped”) и, что по-настоящему неприятно, из-за этого появляются слышимые дефекты (gaps) при прослушивании такого DTS (core), извлеченного из Blu-ray со структурой Seamless Branching.