Кодировать лучше с исходника, а не с рипа.
Если по-быстрому (со шлаком на выходе), то в любом однокнопочном конвертере.
Если по уму, то нужно знать кодек x264 и кодировать в наиболее подходящих оболочках - XviD4PSP 5 или MeGUI.
Проще готовый поискать.