doxkraft сказал(a):

... при звуковоспроизведении искаженно проигрывается аудио дорожка формата PCM...

Я вам подскажу более простой способ, без конвертации аудио - в матрёшку без проблем пакуются адиодороги: AC3, DTS, DTS-HD (MA).
Дороги PCM и True HD (всех модификаций) пакуйте в контейнер BDMV программой tsMuxer.