Активный участник войны против Наполеона в 1805-1807 годах.
В кампании 1805 года, когда армия Кутузова совершала
стратегический марш-маневр от Браунау к Ольмюцу, Багратион
возглавлял её арьергард. Его войска провели ряд успешных боев,
обеспечивая планомерное отступление главных сил.
Особенно прославились они в сражении при Шенграбене.
В битве под Аустерлицем командовал войсками правого крыла
союзной армии, которые стойко отражали натиск французов,
а затем составили арьергард и прикрывали отход главных сил.
Во время Русско-турецкой войны 1806-1812 годов был
главнокомандующим Дунайской армией
(июль 1809 март 1810 года),руководил боевыми действиями
на левом берегу Дуная. Войска Багратиона овладели
крепостями Мэчин, Гурсово, Кюстенджа, разгромили
у Рассавета 12-тысячный корпус
отборных турецких войск, нанесли крупное
поражение противнику под Татарицей.

С августа 1811 года - главнокомандующий Подольской армией,
переименованной в марте 1812 года во 2-ю Западную армию.
Предвидя возможность вторжения Наполеона в пределы России,
выдвинул план, который предусматривал заблаговременную
подготовку к отражению агрессии.В начале Отечественной
войны 1812 года 2-я Западная армия располагалась под Гродно
и оказалась отрезанной от основной 1-й армии наступавшими
французскими корпусами. Багратиону пришлось с арьергардными
боями отступать к Бобруйску и Могилеву, где он после боя под
Салтановкой перешёл Днепр и 3 августа соединился с 1-й западной
армией Барклая-де-Толли под Смоленском. Несмотря на старшинство
в чине, в условиях, когда Главнокомандующий не был
официально назначен императором, объявил о своём добровольном
подчинении Барклаю.При Бородино армия Багратиона, составляя
левое крыло боевого порядка русских войск, отразила все атаки
армии Наполеона, однако понесла тяжелейшие потери и была
вынуждена в середине дня отступить за Семеновский ручей.