1. Звук CBR или VBR?
2. Рассинхрон одинаковый в начале и в конце или разный?
3. На склько примерно секунд рассинхрон в начале? И ччто раньше: видео или звук?

Надеюсь, что устраняли правильно: звук и видео в режиме прямопотокового копирования, и задержку задавали в опции звука "Чередование", в секции "Коррекция аудиоискажений" (нижней), а не в "Размещение аудиоблока" (верхней), и птичку "разрешить аудио/видео чередование" не забыли поставить.

А также в меню "Параметры" стоит птичка у опции "Синхронизовать с аудио".